Desa Koja Doi merupakan salah satu desa yang berada dalam gugusan pulau di kawasan Taman Wisata Alam Laut (TWAL) Teluk Maumere, Kecamatan Alok Timur, Kabupaten Sikka, Nusa Tenggara Timur. Sebagai salah satu desa yang berada dalam wilayah kepulauan Koja Doi hanya bisa dijangkau dengan menggunakan transportasi laut selain kapal perahu motor (lokal) juga akses 2 kapal fery yaitu kapal rede wisata KM. Gandha Nusantara 12 (Free) PP setiap hari minggu dan KMP. Ileape dengan jarak tempuh sekitar 60 menit. Desa Koja Doi terdiri dari 3 dusun yakni Dusun 1 Koja Doi, Dusun 2 Koja Besar dan Dusun 3 Margajong.
Pada tahun 2019 lalu desa Koja doi ditetapkan sebagai desa wisata penerima anugerah ISTA (Indonsesia Sustainable Torurism Award) dari kementerian Pariwisata dengan kategori Tata kelola destinasi berbasis CBT & Sustainable.